Az eddigi adatok alapján Mélykút az 1572-es kamarai összeírásban szerepel először. Az ez előtti időről csak feltételezések vannak. A történelem szerint a Duna – Tisza közét a szarmata jazigok népesítették be. Krisztus születése idején már itt laktak. Priszkosz rétor – 448-ban, mikor Attilánál követségben járt – a Duna-Tisza közét homokpusztaságnak mondta, az mégsem volt lakatlan. Attila halála (453) után az avarok megjelenéséig (568) a gepidák e folyóköz urai. Az avarok uralmát Nagy Károly töri meg (778-791 és 799-803 között) és szétszórja őket. Ekkor szűnt meg a Kárpát-medence etnológiai egysége. Különböző szláv elemek rajzottak szerteszét. Ekkor következett a IX. században a honfoglalás. Így a jazigok után a hunok és az avarok is lakták a Duna-Tisza közét. A honfoglaló magyarok nem népesítették be, a folyók közét legelőnek használták. Ezért a királyi rendelkezések folytán az Alföldre, mint baromjárásul szolgáló területre Szent Lászlótól IV. Béla idejéig besenyők és kunok települtek három hullámban: 1091-92-ben először főleg a Jászságot népesítik be, 1122-ben már többen kerülnek ide, de legjelentősebb a harmadik, amikor főleg és csaknem kizárólagosan az Alföldet népesítik be. Az alföldi kun település Szabadka-Szeged déli határvonalától föl Lacháza vonaláig terjedt, és csaknem az egész Homokhátságot magában foglalta. E területen a kunok fokozatosan olvadtak be a magyarságba. Így a Duna-Tisza köze a XIV. század derekára már elég sűrűn lakott hely. A törökdúlás ezt a területet sanyargatta legjobban, 1550 körül behódoltatva, feldúlva csaknem teljesen elpusztítva. A török kiűzése utáni első ismert összeírás 1699-ben bemutatja, hogy a községet 21 adófizető polgár és 5 fiú lakja. A lakosság inkább állattenyésztő mint földművelő. E kis létszámú település a Rákóczi szabadságharc idején újra elnéptelenedett. A XVIII. század második évtizedében új letelepülők jöttek a történelmi Magyarország északi, keleti, nyugati megyéiből. Az 1729-es oklevél már pagus, lakott helynek tünteti fel. 1734. július 30-án Patacsics érsek főpásztori körútja és vistatioja során Mélykútra érkezik. Ez az első komolyabb okirat, amely beletekint a község életébe, ugyanakkor némi utalást is ad a múltra. Megszenteletlen, kb.50 font súlyú harangja a templom mellett egy törzsön függött. Patrónusa ismeretlen, noha néhány év múlva az akkori földbirtokos, a Grassalkovich család minden vita nélkül vállalta a cím mellett a terheket is. E sárral kevert sövényszerű falú, de nádfödeles és padlás nélküli kápolna a Szentháromság tiszteletére épült. A néphagyomány szerint Szentháromságnak nevezett templom, s ezzel kapcsolatosan a török idők alatti Mélykút a ma ún. Kápolna-hegyen és környékén volt. Az 1728-29 – ben újonnan települő község magja a Szt. Bertalan-templom volt. A templom a ma beépített ún. Öreg-temető helyén volt. A Czobor család kihalta után 1750-ben birtoka gróf Grassalkovich tulajdonába ment át. Grassalkovich a náddal fedett kápolna helyébe szép templomot emeltetett. A jelenlegi templom alapját 1761-ben rakták le, ezzel a község új központi magot kapott. Az idők folyamán a fejlődés ehhez alakult, ezért a község régi arculatát teljesen megváltoztatva a maivá alakította át. 1768. július 30-ra lett egészen kész a templom, de a hívek már 1764-től kezdve használták, annál is inkább, mert 1760-tól a szabadkai barátok vezetése alatt újból adminisztratúra lett. A régi templomból ma már csak a torony, a karzat meg a kőfal van meg. A régi oltárszobrok és az oltár egyéb részei a templom kriptájába kerültek. Az oltárképet is újjal cserélték fel: az új oltárképet dr. Zgama Károly plébános festette a budapesti Oberhauer céggel. Az oltárkép Szent Joachimot ábrázolja, térdén a kis Szűz Máriával. Mária a kezében almát tart, s a kép felett a következő felirat olvasható: „Potens in terra erit semen eius.” (’Hatalmas lesz a Földön az ő utóda.’) A továbbiakban a község arculatát a templom formálja. Kiemelkedő dombra építették, így alkalmas központ lett. Azzal pedig, hogy északi sarkába a plébánia lakot építették, a déli sarkon pedig a községházát, két pólus keletkezett, melyek a további települőket magukhoz vonzották.
